Ebba Wieder föddes måndagen 13 juli 1998 i Hässleholm. Hon spelade ungdomsfotboll i LdB Malmö (som senare blev FC Rosengård).

Ebba Wieder debuterade i Damallsvenskan som 17-åring onsdagen 22 juli 2015 för FC Rosengård, i 1⁠–⁠2-förlusten borta mot Linköpings FC på Arena Linköping. Senare på hösten vann Rosengård Damallsvenskan och Wieder spelade tolv matcher under debutsäsongen. Wieder var med och vann Damallsvenskan med Rosengård även 2019, då med tidigare djurgårdaren Johanna Rytting Kaneryd som lagkamrat samt tre cuptitlar, 2016–2018. 2017 spelade var hon i startelvan i finalen som de vann med 1⁠–⁠0 mot Linköpings FC på Arena Linköping. Under olika perioder fanns där även framtida blårandiga lagkamraten Nellie Lilja och likaledes framtida djurgårdarna Jenna Hellstrom och Hanna Folkesson.

Efter 126 matcher i Rosengårdströjan i Damallsvenskan, Svenska Cupen och Champions League fortsatte Wieder inför säsongen 2020 vidare till Vittsjö GIK, där hon blev lagkamrat med framtida blårandiga lagkamraten Tove Almqvist. Med Vittsjö spelade hon 25 seriematcher under två säsonger och var med och tog laget till två femteplaceringar i Damallsvenskan, men var också utanför planen under långa perioder på grunda av skador och psykisk ohälsa.

Ebba Wieder anslöt till Djurgården från Vittsjö GIK i december 2021. Hon debuterade för Djurgården i 3⁠–⁠0-vinsten över Mallbackens IF i Svenska cupens gruppspel borta på Stora Vallas B-plan lördagen 26 februari 2022.