Emelie Lövgren föddes tisdagen 3 juli 1990 i Piteå. Hon började spela fotboll i Storfors AIK och spelade också med Infjärdens SK innan hon gick till Piteå IF.

Emelie Lövgren debuterade i Damallsvenskan onsdagen 1 april 2009 för Piteå IF i 3⁠–⁠0-vinsten i säsongspremiären mot Kristianstads DFF hemma på Kvarnvallen, vilket även var föreningens första match i serien. Lövgren spelade 16 matcher för de damallsvenska debutanterna, som under säsongen förstärktes med likaledes framtida djurgårdarna Onome Ebi och Sarah Michael. Piteå åkte dock ur Damallsvenskan direkt och Lövgren spelade nästkommande säsong i damallsvenska Sunnanå SK innan hon gick tillbaka till Piteå IF som hade tagit sig tillbaka till Damallsvenskan efter en säsong i division I norra.

Lövgren var med i Sveriges U19-landslag som tog silver vid Europamästerskapet i Belarus 2009. Lövgren blev uttagen tillsammans med likaledes framtida djurgårdarna Emilia Appelqvist, Susanne Nilsson och Olivia Schough. Sverige kom två i sin grupp med England, Island och Norge och fick möta Frankrike i semifinal. Lövgren gjorde första målet i semifinalen på Dinamo-Junistadion som slutade 2⁠–⁠2 efter fulltid och 5⁠–⁠2 till Sverige efter förlängning. I finalen på Stadsstadion i Barysaŭ väntade återigen England. Lövgren återfanns i startelvan i matchen som slutade med en 0⁠–⁠2-förlust och silvermedalj.

Framgångarna i Europamästerskapet gjorde att ungdomslandslaget fick spela världsmästerskapet för U20-landslag i Tyskland året efter. Med i laget fanns Appelqvist, Nilsson och Schough från året innan samt likaledes framtida djurgårdaren Tempest-Marie Norlin. I Sveriges grupp fanns Brasilien, Nordkorea och likaledes framtida djurgårdaren Hannah Wilkinsons Nya Zeeland. Sverige vann gruppen och fick spela kvartsfinal mot Colombia på Bielefelder Alm i Bielefeld, som slutade med en 0⁠–⁠2-förlust. Lövgren fick endast speltid på tilläggstid i den avslutande gruppspelsmatchen mot Nordkorea på Augsburg Arena i Augsburg.

Piteå IF stabiliserade sig så småningom som ett lag i toppen av Damallsvenskan. 2013 kom Lövgrens Piteå sexa med likaledes framtida djurgårdarna Emilia Appelqvist och Hallbera Guðný Gísladóttir i laget, trea 2015 och var i semifinal i Svenska cupen året efter, då med tidigare djurgårdaren Irma Helin och Tempest-Marie Norlin.

2018 var Lövgren med och blev svenska mästare med Piteå IF. Lövgren spelade alla 22 matcherna och stod för två mål. I de väntande Europaspelet sommaren efter ställdes Piteå mot danska Brøndby IF med framtida blårandiga lagkamraten Kamilla Karlsen och likaledes framtida djurgårdaren Maria Hovmark i laget i åttondelsfinalen. Köpenhamnarna blev dock för svåra och vann med 2⁠–⁠1 över de båda mötena. Lövgren spelade returmötet borta på Brøndby Stadion. När hon lämnade Piteå IF efter säsongen 2019 hade hon spelat 160 matcher för dem i Damallsvenskan under tio säsonger.

2020 gick Lövgren vidare till norska Arna Bjørnar och spelade för dem under två säsonger. Under sitt andra år i klubben spelade hon med de tidigare djurgårdarna Guðbjörg Gunnarsdóttir och Mia Jalkerud.

Emelie Lövgren anslöt till Djurgården från Arna Bjørnar i december 2021. Hon debuterade för Djurgården i 3⁠–⁠0-vinsten över Mallbackens IF i Svenska cupens gruppspel borta på Stora Vallas B-plan lördagen 26 februari 2022. Söndagen 27 mars 2022 debuterade hon i blårandigt i Damallsvenskan i Djurgårdens 1⁠–⁠4-förlust hemma på Tele2 arena mot Piteå IF i säsongens premiäromgång.