Ellen Andersson föddes torsdagen 1 augusti 2002. Hon spelade ungdomsfotboll i Örby IS, i AIK, i BP och i Djurgårdens IF.
Andersson kom till Djurgårdens akademi från BP 2018. 2019 var hon med i Djurgårdens U17-lag som blev svenska mästare. Laget gick till final genom att i slutspelet slå ut Kvarnsvedens IK, Örebro Söder och Lerums IS. I finalen i oktober 2019 på Östermalms IP ställdes Djurgården mot Umeå IK och vann med 4–3.
Lördagen 13 mars 2021 seniordebuterade Andersson i Djurgårdströjan i 4–0-vinsten över IK Uppsala i Svenska cupens gruppspel hemma på Stadshagens IP. Hon debuterade i Damallsvenskan lördagen 17 april 2021 i 1–0-vinsten över Kif Örebro i säsongspremiären hemma på Stockholms stadion. Hon spelade ytterligare två damallsvenska matcher under säsongen. Andersson gjorde sitt första mål i Djurgården när hon gjorde ledningsmålet i 5–0-vinsten mot Boo FF borta på Boovallen i Svenska cupens kvalomgång onsdagen 29 september 2021.
Säsongen 2022 lånades Andersson ut till Mallbackens IF i Elitettan.